El 4 de febrero de 1988 fueron inauguradas las instalaciones de Radio Querétaro por el Presidente de la República Miguel de la Madrid Hurtado y del Gobernador del Estado de Querétaro Mariano Palacios Alcocer.
Nuestra primera transmisión fue el 5 de febrero como parte de la paraestatal denominada Sistema Estatal de Comunicación Cultural y Educativa.
Radio Querétaro nació con buena estrella, pues el estilo fresco de sus locutores al aire, lo profundo y bien documentado de sus contenidos atendiendo a su vocación de emisora cultural y educativa, sus estudios de transmisión y grabación magníficamente equipados.
Su barra programática fue cuidadosamente diseñada para ofrecer a todos los públicos diferentes opciones que propiciarían la difusión del arte la cultura y las tradiciones en sus más diversas manifestaciones, abarcando todos los ritmos y géneros, difundiendo música de calidad como una alternativa de buena radio a una audiencia ávida de opciones distintas, en un estado saturado por la radio comercial.
Durante poco más de 17 años la emisora transmitió en Amplitud Modulada bajo el indicativo XEQUE en el 1150 del dial con 1000 watts de potencia, con un horario de transmisión de 5:00am a 12:00am.
28 de junio de 2005 la radio comenzó sus transmisiones en Frecuencia Modulada en el 100.3 transmitiendo las 24 horas del día.
27 de mayo de 2012 la Comisión Federal de Telecomunicaciones otorga al Sistema Estatal de Comunicación Cultural y Educativa un permiso para usar con fines oficiales el canal 50 de televisión digital con transmisión de 24 horas diarias.
22 de septiembre de 2013 se inicia en transmisiones de televisión en señal abierta en el canal 50 digital.
30 de septiembre de 2013 se incluye de manera gratuita televisión Querétaro 50 digital a la programación de las cableras Televicable del centro (Cablecom) y Megacable.
Octubre de 2016 en cumplimiento a lo dispuesto en los lineamientos generales para la asignación de canales virtuales de televisión radio fundida se empieza a usar el canal 10.1 virtual.
4 de mayo de 2017 el Instituto Federal de Telecomunicaciones otorga: Concesión única para uso público para prestar Servicios Públicos de Telecomunicaciones y Radiodifusión a favor del Estado de Querétaro.
Concesión para usar y aprovechar bandas de frecuencias del espectro radioelectrónico para uso público que otorga el Instituto Federal de telecomunicaciones a favor del Gobierno del Estado de Querétaro con el distintivo de llamada XHQUE-FM en la frecuencia 100.3 MHz.
Concesión para usar y aprovechar bandas de frecuencias del espectro radioelectrónico para uso público que otorga el Instituto Federal de telecomunicaciones a favor del Gobierno del Estado de Querétaro con el distintivo de llamada XHSECE-TDT en la frecuencia 50 (686-692 MHz).
25 de octubre de 2017 con cinco integrantes queda instalado el primer consejo ciudadano del Sistema Estatal de Comunicación Cultural y Educativa.
Dicho consejo ciudadano tiene como objetivo vigilar que simplemente en los mecanismos que garanticen la independencia editorial del sistema, que fomenten la participación ciudadana y el establecimiento de políticas que coadyuven a la expresión de diversas ideologías, étnicas y culturales, conforme a los principios contenidos en el artículo 86 de la ley Federal de Telecomunicaciones y Radiodifusión.
11 de noviembre de 2018 en cumplimiento a la resolución mediante la cual el pleno del Instituto Federal de Telecomunicaciones aprueba la propuesta de cambio de bandas de frecuencia formuladas por la unidad de espectro radio eléctrico al Gobierno del Estado de Querétaro y con el fin de despejar la banda de 600 MHz, se nos asigna el canal 14 (470-476)MHz.